Родился 27.01.1950 в Ленинграде. Закончил мат-мех и биофак ЛГУ. Занимается астрологией с 1971 года. В 1978 году познакомился с известным профессиональным астрологом Сергеем Алексеевичем Вронским, по приглашению которого стал его личным учеником. Кроме этого, с 1983 по 1988 год закончил организованные Вронским и разрешённые государством астрологические курсы в Москве. В своём завещании С.В.Вронский оставил обращение к издателям своего посмертного собрания сочинений, которое содержало просьбу о том, чтобы именно С.В.Шестопалов написал предисловие к его трудам.

С 1985 по 1989 год в Ленинградском политехническом институте С.В.Шестопалов разрабатывал проблему астрологического прогнозирования по тематике, утвержденной руководством института, в частности, договорные работы с Центром управления полётами и Институтом летных испытаний в подмосковном городе Жуковский.

В эти же годы было проведено исследование межперсональной совместимости людей на основе анализа отношений конфликтных пар на производстве и в браке. В частности, на основе данных ЗАГС Ленинского района Ленинграда было проанализировано 1500 супружеских пар с продолжительностью брака не менее 20 лет. В результате исследования были установлены статистически достоверные влияния со стороны ряда планет.

Начиная с 1984 года С.В.Шестопаловым проводилась планомерная деятельность в области медицинской астрологии. Реализовывались комплексные исследования по разработке астрологических формул заболеваний с медицинскими учреждениями СССР.

В 1984 году совместно с Ленинградским научно-исследовательским пульмонологическим институтом выполнена работа по астрологическому анализу группы больных с верифицированным диагнозом бронхиальная астма. Результаты работы были опубликованы на II Всесоюзном совещании по космической антропоэкологии, организованном Академией медицинских наук в Ленинграде в этом же году.

Совместно с Психоневрологическим институтом им. В.М.Бехтерева проведено астрологическое исследование пациентов с диагнозом эпилепсия. Результаты были опубликованы на Международном конгрессе психиатров и психоневрологов, посвященном вопросам эпилепсии, в Greifswaid, DDR, в 1989 году.

С Ленинградским нейрохирургическим институтом им. А.Л.Поленова было выполнено исследование по астрологическому анализу признаков инсульта в гороскопе пациентов, имеющих данный диагноз. В результате работы была получена формула инсульта, с возможностью астрологической дифференциации в зависимости от характера его протекания как по ишемическому, так и по геморрагическому типу.

С Институтом акушерства и гинекологии им. Отта АМН СССР была выполнена работа по выявлению астрологических признаков бесплодия. Результатом поиска стала возможность обнаружения органического и функционального бесплодия в карте рождения как мужчин, так и женщин.

С Рентгено-радиологическим институтом МинЗдрава СССР на разных группах онкологических больных была проведена работа по выявлению астрологических признаков онкологических заболеваний.

С Крымским кардиологическим центром в Симферополе выполнены исследования по астрологическому выявлению признаков инфаркта у больных с различными видами сердечной патологии.

С Саратовским туберкулезным диспансером на медицинском материале данного лечебного учреждения получены формулы туберкулезного поражения легких.

Выявление специфических комбинаций в гороскопах у больных с конкретными нозологиями позволило сформулировать астрологическую модель заболевания с возможностью ее индивидуальной детализации.

С 1985 года С.В.Шестопалов разрабатывает концепцию "Формулы событий". Результаты этих исследований были впервые опубликованы в 1996 году в книге «Предсказательная астрология», а также доложены на 7-м Международном иберийском конгрессе в Испании в 1997 году.

В 1989 году основал Санкт-Петербургскую астрологическую академию (СПбАА), которой руководит по настоящее время. По данными Сократовского комитета по науке в Лондоне СПбАА была признана лучшей обучающей частной структурой Европы в 2016 году.

В 1991 и 1998 выпускал астрологический альманах «Аквариус».

С 1989 по 1995 годы публиковал прогнозы в газете «Вечерний Петербург», а также сотрудничал с Петербургским радио. С 1992 по 1995 годы был астрологом-консультантом и ведущим в программе «Астрология любви» на государственном телеканале «Россия».

Проводит идею объединения профессиональных астрологов страны. В 2004 году выступил одним из учредителей Союза профессиональных астрологов России, который имел своей целью объединение ведущих учебных заведений астрологического профиля.
В 2016 году идея объединения профессиональных астрологов России была реализована на базе международного сайта Инастрос.
В 2005 году авторская концепция «Формулы событий» стала предметом защиты диссертации на степень доктора наук в International University of Fundamental Studies. Данная структура является представительством системы университетов Оксфорда в России.
В 2009 году С.В.Шестопалову было присвоено звание академика Европейской академии естественных наук

В 2017 году имя академика С.В.Шестопалова было внесено в реестр выдающихся учёных ХХI века. По данным Сократовского комитета авторская концепция "Формулы событий" является выдающимся вкладом в цивилизационный процесс. Вручение медали "За вклад в науку" и Кавалерской ленты состоялось в торжественной обстановке в Канне.

В 2018 году Европейской медицинской ассоциацией имени Филиппа фон Гогенгейма (Парацельса) и Медицинским королевским обществом Бельгии академику С.В.Шестопалову присуждена награда Роза Парацельса за вклад в развитие предсказательной астромедицины .

В декабре 2018 года по приглашению Французской академии наук принял участие в работе VIII Всемирного научного конгресса в Штаб-квартире ООН в Женеве, где выступил с концептуальным докладом по теоретическому обоснованию астрологии.

Является автором и разработчиком компьютерных программ: Аквариус, Акватур и различных версий программы Newa.
Автор ряда книг по астрологии нескольких направлений.

С.В.Шестопалов - профессиональный астролог, развивает классическую птолемеевскую астрологию на основе современных технических и научных возможностей. Принадлежит к направлению научной прогностической астрологии, ведет активную консультативную, образовательную и просветительскую деятельность.