Родился 27 января 1950 года в Ленинграде. Занимается астрологией с 1971 года. В 1978 году познакомился с известным астрологом Сергеем Алексеевичем Вронским, став его учеником и предисловие к посмертному собранию сочинений которого написал по его завещанию. С 1983 по 1988 год закончил организованные Вронским и разрешённые государством астрологические курсы в Москве.
С 1985 по 1989 год в Ленинградском политехническом институте разрабатывал проблему астрологического прогнозирования (по тематике, утверждённой руководством института): выполнялись договорные работы с космонавтами из Института лётных испытаний в городе Жуковском.
В эти же годы было проведено исследование межперсональной совместимости людей - конфликтных пар на производстве и в браке. В частности, на основе данных ЗАГС Ленинского района Ленинграда было проанализировано 1500 супружеских пар с продолжительностью брака не менее 20 лет. В результате исследования были установлены статистически достоверное влияние на конфликты и разрушение союзов только четырёх планет из десяти – Марса, Юпитера, Сатурна и Плутона.
Начиная с 1984 года С.В.Шестопаловым проводилась планомерная деятельность в области медицинской астрологии. Проводились комплексные исследования по разработке астрологических формул заболеваний с медицинскими учреждениями России и бывших республик СССР.
В 1984 году совместно с Ленинградским научно-исследовательским пульмонологическим институтом выполнена работа по астрологическому анализу группы больных с верифицированным диагнозом бронхиальная астма. Результаты работы были опубликованы на II Всесоюзном совещании по космоантропоэкологии, организованном Академией медицинских наук в Ленинграде в этом же году.
Совместно с Психоневрологическим институтом имени В.М. Бехтерева проведено астрологическое исследование пациентов с диагнозом эпилепсия. Результаты были опубликованы на Международном конгрессе психиатров и психоневрологов, посвящённом вопросам эпилепсии, в Greifswaid (Германия), в 1989 году.
С Ленинградским нейрохирургическим институтом имени А.Л. Поленова было выполнено исследование по астрологическому анализу признаков инсульта в гороскопе пациентов, имеющих данный диагноз. В результате работы была получена формула инсульта, с возможностью астрологической дифференциации в зависимости от характера его протекания как по ишемическому, так и по геморрагическому типу.
С Институтом акушерства и гинекологии имени Отта АМН СССР была выполнена работа по выявлению астрологических признаков бесплодия. Результатом поиска стала возможность обнаружения как органического, так и функционального бесплодия в карте рождения как мужчин, так и женщин.
С Рентгенорадиологическим институтом Министерства Здравоохранения СССР на разных группах онкологических больных была проведена работа по выявлению астрологических признаков онкологических заболеваний.
С Крымским кардиологическим центром (Симферополь) выполнены исследования по астрологическому выявлению признаков инфаркта у больных с различными видами сердечной патологии.
С Саратовским туберкулёзным диспансером на медицинском материале данного лечебного учреждения получены формулы туберкулёзного поражения лёгких.
Выявление специфических комбинаций в гороскопах у больных с конкретными нозологиями позволило сформулировать астрологическую модель заболевания с возможностью её индивидуальной детализации.
С 1985 года С.В.Шестопалов разрабатывает концепцию Формулы событий. Результаты этих исследований были впервые опубликованы в 1996 году в книге "Предсказательная астрология", а также доложены на Седьмом Международном Иберийском конгрессе в Испании в 1997 году.
В 1989 году основал Санкт-Петербургскую Астрологическую Академию.
В 1991 и 1998 годах выпускал астрологический альманах "Аквариус".
С 1991 по 1995 годы публиковал прогнозы в газете "Вечерний Петербург", а также сотрудничал с Петербургским радио. С 1992 по 1995 годы был астрологом-консультантом и ведущим в программе "Астрология любви" на государственном телеканале «Россия».
В 2004 году выступил одним из шести учредителей Союза профессиональных астрологов России, который объединил ведущие учебные астрологические заведения страны.
Является разработчиком компьютерных программа Aquarius, Aquatur, Newa-prognos и серии Newa.
В 2005 году авторская концепция "Формулы событий" стала предметом защиты диссертации на степень доктора наук в International University of Fundamental Studies.
В 2017 году имя академика С.В.Шестопалова было внесено в реестр выдающихся учёных ХХI века. По данным международного Сократовского комитета по науке (Великобритания) авторская концепция "Формулы событий" признана выдающимся вкладом в цивилизационный процесс. Вручение медали "За вклад в науку" и Кавалерской ленты состоялось в торжественной обстановке в Канне (Франция).
В 2018 году Европейской медицинской ассоциацией имени Филиппа фон Гогенгейма (Парацельса) и Медицинским королевским обществом Бельгии академику С.В.Шестопалову присуждена награда Роза Парацельса за вклад в развитие предсказательной астромедицины .
В декабре 2018 года по приглашению Французской академии наук принял участие в работе VIII Всемирного научного конгресса в штаб-квартире ООН в Женеве, где выступил с концептуальным докладом по теоретическому обоснованию астрологии.
